Sekolah ini dibuka dengan rasminya pada 1 Januari 2003. Ia adalah sekolah kebangsaan yang ketiga dibuka di Putrajaya. Memandangkan ianya adalah sekolah yang ketiga, maka ia diberi nama Sekolah Kebangsaan Putrajaya 3. Bermula dengan jumlah murid seramai 850 orang dan 45 orang guru, sekolah ini terus mengorak langkah mengukir namanya sama ada dalam bidang akademik, kokurikulum mahupun kemanusiaan. Penubuhan Putrajaya sebagai sebuah wilayah memberikan kesan kepada pertukaran nama-nama sekolah di Putrajaya. Setelah 4 tahun bergelar Sekolah Kebangsaan Putrajaya 3, akhirnya pada 1 Januari 2007 ia mula dikenali dengan nama...
Sekolah Kebangsaan Putrajaya Presint 16 (1)